Mouna Essabbah

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Mouna ESSABBAH, docteur en Informatique

Post-doctorant sur le projet Européen Digital Ocean FP7 262160

Laboratoire IBISC
40, rue de Pelvoux
CE1455 Courcouronnes
91020 Évry Cedex

Bureau : Ax15
Tel : +33 1 69 47 06 18
Email : mouna.essabbah(at)ibisc.fr

Sommaire

1 Domaines de recherche
2 Sujet de thèse
3 Publications
4 Activité d'enseignement
- 4.1 ATER à l'ENSIIE (2009-2011)
- 4.2 Monitorat à l'UFR S&T de l'Université d'Evry Val d'Essonne (2006-2009)

[modifier] Domaines de recherche

Environnements mixtes (RV/RA),
Interaction 3D,
Analyse et traitement d'image,
Applications bio-informatique.

[modifier] Sujet de thèse

Titre : Assistance à l'interaction Homme-Molécule in virtuo: application au chromosome

Directeur : Malik Mallem (Pr)

Encadrants : Samir Otmane (MCF-HDR) et Joan Hérisson (IGR)

Résumé :

L'une des finalités de la Biologie Moléculaire (BM) est l'étude de l'architecture spatiale (structure 3D) des molécules. Les expérimentations in silico (simulations numériques) permettant la modélisation 3D utilisent le plus souvent des approches automatiques. Or, ces approches présentent certains inconvénients: temps de traitement important, modélisation souvent partielle, modèle 3D généralement figé, etc. L'apport des connaissances des experts, de manière interactive, pendant le processus de modélisation automatique peut pallier certains défauts des méthodes calculatoires usuelles. Il s'agit de placer le biologiste au centre des essais virtuels plutôt qu'en observateur de résultats de simulations. C'est ce que nous appelons l'approche hybride, qui associe les avantages des expérimentations in silico (capacité de calcul) à ceux des Interactions Homme-Machine (IHM) et de la Réalité Virtuelle (RV) : commande naturelle, immersion dans l'environnement virtuel (EV), multimodalité, etc. Le résultat de cette approche est la création d'analyses in virtuo, qui comportent trois phases fondamentales: la modélisation 3D, la visualisation et l'interaction 3D (I3D). Cependant, des domaines complexes tels que la BM sont régis par un ensemble de contraintes qui peuvent être locales (liées aux objets 3D ou aux tâches d'I3D) et globales (liées à l'espace des objets 3D ou au système d'I3D). Par conséquent, l'intervention des experts ne peut pas être réalisée efficacement par des techniques d'I3D classiques, indépendantes de la complexité et des contraintes du domaine. Plus généralement, nous sommes confrontés au problème innovant de l’I3D sous contraintes qui intègre les règles de comportement imposées par l'EV. Pour y répondre, nous formalisons un modèle d'assistance qui associe les contraintes, les tâches d'interaction et des outils d'assistance que sont les guides virtuels. Nous avons appliqué ces deux concepts, d'approche hybride et d'assistance à l'I3D sous contraintes, au problème de la modélisation 3D du chromosome. Les contraintes identifiées sont ici architecturales (données physico-chimiques) et fonctionnelles (modèles biologiques). Ces contraintes issues des lois de la Biologie imposent l'ordonnancement spatial du chromosome. Le système d'interaction Homme-Molécule in virtuo proposé peut être considéré plus crédible puisqu'il respecte les contraintes environnementales, tant au niveau de la structure 3D qu'au niveau de l'I3D.

[modifier] Publications

[modifier] Mémoire de Master

Mouna ESSABBAH - Confrontation entre modèle et données réelles pour la structure spatiale de l'ADN par le biais de la réalité augmentée

, Université René Descartes Paris 5, LIMSI-CNRS,IBISC-CNRS, Juin, 2006

Bibtex

[modifier] Mémoire de Thèse

[modifier] Revue nationale avec comité de lecture

M. ESSABBAH, S. OTMANE, G. BOUYER, J. HERISSON, M. MALLEM - Analyse des systèmes de visualisation et d’interaction 3D pour la biologie moléculaire

Revue de Technique et Science Informatiques 31(2):187-214, 2012

Bibtex

[modifier] Chapitre d'ouvrage

M. ESSABBAH, S. OTMANE, M. MALLEM - 3D Molecular Interactive Modeling

Human-Computer Systems Interaction. Human-Computer Systems Interaction, Advances in Soft Computing, Springer Berlin / Heidelberg. 60 pp. 493-504, 2009

Bibtex

[modifier] Conférences internationales

M Essabbah, S Otmane, M Mallem, J Herisson - Spatial Organization of DNA: From The Physical Data To The 3D Model

IEEE/ACS International Conference on Computer Systems and Applications pp. 880--883, 2009

Url Bibtex

M Essabbah, S Otmane, J Hérisson, M Mallem - A New Approach to Design an Interactive System for Molecular Analysis

Human-Computer Interaction, Part IV, HCII 2009, LNCS 5613 pp. 713--722, 2009

Url Bibtex

M Essabbah, S Otmane, M Mallem - 3D molecular modeling systems: State of art

1st Mediterranean Conference on Intelligent Systems and Automation (CISA 08). AIP Conference Proceedings 1019:493--497, 2008

Bibtex

M Essabbah, S Otmane, M Mallem - 3D molecular modeling: from theory to applications

Human System Interactions, 2008 Conference on pp. 350--355, 2008

Bibtex

[modifier] Workshop internationaux avec actes

M. ESSABBAH, J. HERISSON, S. OTMANE, M. MALLEM - Towards a biophysical 3D model of the DNA

1th IEEE International Workshops on Image Processing Theory, Tools and Applications pp. 1-6, 2008

Bibtex

M. ESSABBAH, R. GHERBI, M. MALLEM - Confrontation entre modèle et données réelles pour la structure spatiale des molécules d'ADN par le biais de la réalité augmentée

3ième Workshop Applications Médicales de l'Informatique: Nouvelles Approches (AMINA 2006) , Monastir (Tunisie), Novembre 16-17-18, 2006

Bibtex

[modifier] Communications nationales

M. ESSABBAH, S. OTMANE, G. BOUYER, J. HERISSON, M. MALLEM - Systèmes de visualisation et d’interaction 3D pour la biologie moléculaire

5èmes journées de l’AFRV , Orsay, Decembre, 2010

Bibtex

[modifier] Activité d'enseignement

[modifier] ATER à l'ENSIIE (2009-2011)

TD et TP d’informatique en 1ère et 2ème années ingénieur et M2; charge : 172h équivalent TD

Programmation impérative (C)
Programmation avancée (Caml et C)
Assembleur 68000
Analyse et conception de systèmes d'information avancées (UML)
Techniques d'interaction 3D en Réalité Virtuelle

[modifier] Monitorat à l'UFR S&T de l'Université d'Evry Val d'Essonne (2006-2009)

Cours, TD et TP d’informatique en Licence 1ère et 3ème années; charge : 209h équivalent TD

Algorithmique et programmation (C)
Réseaux informatiques
Jury de stage

Récupérée de « http://evra.ibisc.univ-evry.fr/index.php/Mouna_Essabbah »

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 * Applications bio-informatique.
+== Sujet de thèse ==
+Titre : '''Assistance à l'interaction Homme-Molécule ''in virtuo'': application au chromosome'''
+Directeur : [http://lsc.univ-evry.fr/~mallem/ Malik Mallem] (Pr)
+Encadrants : [http://lsc.univ-evry.fr/~otmane/ Samir Otmane] (MCF-HDR) et Joan Hérisson (IGR)
+Résumé :
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+L'une des finalités de la '''Biologie Moléculaire''' (BM) est l'étude de l'architecture spatiale (structure 3D) des molécules.
+Les expérimentations ''in silico'' (simulations numériques) permettant la modélisation 3D utilisent le plus souvent des approches automatiques. Or, ces approches présentent certains inconvénients: temps de traitement important, modélisation souvent partielle, modèle 3D généralement figé, etc.
+L'apport des connaissances des experts, de manière interactive, pendant le processus de modélisation automatique peut pallier certains défauts des méthodes calculatoires usuelles. Il s'agit de placer le biologiste au centre des essais virtuels plutôt qu'en observateur de résultats de simulations. C'est ce que nous appelons '''l'approche hybride''', qui associe les avantages des expérimentations ''in silico'' (capacité de calcul) à ceux des Interactions Homme-Machine (IHM) et de la Réalité Virtuelle (RV) : commande naturelle, immersion dans l'environnement virtuel (EV), multimodalité, etc.
+Le résultat de cette approche est la création d''''analyses ''in virtuo''''', qui comportent trois phases fondamentales: la '''modélisation 3D''', la '''visualisation''' et l''''interaction 3D''' (I3D).
+Cependant, des domaines complexes tels que la BM sont régis par un ensemble de '''contraintes''' qui peuvent être locales (liées aux objets 3D ou aux tâches d'I3D) et globales (liées à l'espace des objets 3D ou au système d'I3D).
+Par conséquent, l'intervention des experts ne peut pas être réalisée efficacement par des techniques d'I3D classiques, indépendantes de la complexité et des contraintes du domaine. Plus généralement, nous sommes confrontés au problème innovant de l’'''I3D sous contraintes''' qui intègre les règles de comportement imposées par l'EV.
+Pour y répondre, nous formalisons un '''modèle d'assistance''' qui associe les contraintes, les tâches d'interaction et des outils d'assistance que sont les '''guides virtuels'''.
+Nous avons appliqué ces deux concepts, d'approche hybride et d'assistance à l'I3D sous contraintes, au problème de la modélisation 3D du chromosome. Les contraintes identifiées sont ici '''architecturales''' (données physico-chimiques) et '''fonctionnelles''' (modèles biologiques). Ces contraintes issues des lois de la Biologie imposent l'ordonnancement spatial du chromosome.
+Le système d'interaction Homme-Molécule ''in virtuo'' proposé peut être considéré plus crédible puisqu'il respecte les contraintes environnementales, tant au niveau de la structure 3D qu'au niveau de l'I3D.
 == Publications ==
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 === Conférences internationales===
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+=== ATER à l'ENSIIE (2009-2011) ===
+TD et TP d’informatique en 1ère et 2ème années ingénieur et M2; charge : 172h équivalent TD
+* Programmation impérative (C)
+* Programmation avancée (Caml et C)
+* Assembleur 68000
+* Analyse et conception de systèmes d'information avancées (UML)
+* Techniques d'interaction 3D en Réalité Virtuelle
+=== Monitorat à l'UFR S&T de l'Université d'Evry Val d'Essonne (2006-2009) ===
+Cours, TD et TP d’informatique en Licence 1ère et 3ème années; charge : 209h équivalent TD
+* Algorithmique et programmation (C)
+* Réseaux informatiques
+* Jury de stage

Mouna Essabbah

Un article de Wiki-evr@.

Version actuelle

Sommaire

[modifier] Domaines de recherche

[modifier] Sujet de thèse

[modifier] Publications

[modifier] Mémoire de Master

[modifier] Mémoire de Thèse

[modifier] Revue nationale avec comité de lecture

[modifier] Chapitre d'ouvrage

[modifier] Conférences internationales

[modifier] Workshop internationaux avec actes

[modifier] Communications nationales

[modifier] Activité d'enseignement

[modifier] ATER à l'ENSIIE (2009-2011)

[modifier] Monitorat à l'UFR S&T de l'Université d'Evry Val d'Essonne (2006-2009)

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